Ο Fernando Santos γεννήθηκε στις 10 Οκτωβρίου 1954 στη Λισαβόνα. Παράλληλα με τις σπουδές άρχισε να παίζει ποδόσφαιρο ξεκινώντας την καριέρα του από τα τμήματα υποδομών της Benfica. Από τους «αετούς της Λισσαβόνας» μεταπήδησε το 1972 στην Maritimo και ένα χρόνο αργότερα μετακόμισε στην Estoril-Praia , ομάδα με την οποία συνδέθηκε ποδοσφαιρικά για πολλά χρόνια.
Ως ποδοσφαιριστής αγωνιζόταν ως δεξιός οπισθοφύλακας μέχρι το 1987 όταν, σε ηλικία 33 ετών, αποφάσισε να κρεμάσει το ποδοσφαιρικά του παπούτσια. Δέκα χρόνια νωρίτερα είχε αποκτήσει πτυχίο ως ηλεκτρολόγος - μηχανικός τηλεπικοινωνιών από το Instituto Superior de Engenharia de Lisboa.
Το καλοκαίρι του 1987 αποφάσισε να γίνει προπονητής, επάγγελμα που αγάπησε και υπηρετεί για περισσότερες από δύο δεκαετίες. Μπορεί οι έξι τίτλοι που κατέκτησε σε Πορτογαλία και Ελλάδα να φαντάζουν λίγοι, αλλά ο Fernando Santos είναι ο πρώτος και μοναδικός έως σήμερα προπονητής, που έχει δουλέψει και στις τρεις μεγάλες ομάδες της πατρίδας του, Porto, Benfica και Sporting CP.
Η καριέρα του ως προπονητής άρχισε από τον πάγκο της Estoril-Praia. Από το 1987 και για δεκατρία χρόνια έμεινε στην ομάδα, την οποία ανέλαβε στην Γ' κατηγορία της Πορτογαλίας και την ανέβασε στην Α' κατηγορία. Το 1994 ανέλαβε την Estrela da Amadora και τρία χρόνια αργότερα την σεζόν 1997-98 την οδήγησε στην έβδομη θέση, την καλύτερη στην ιστορία της. Η πρόταση από την Porto το καλοκαίρι του 1998 έμοιαζε να είναι, για τον 44χρονο τότε Fernando Santos, η μεγάλη πρόκληση. Στη φημισμένη για τα κρασιά και τους αμπελώνες πόλη του Oporto έμεινε για τρία χρόνια.
Το 1999 κατέκτησε το πρωτάθλημα Πορτογαλίας -ήταν το πέμπτο συνεχόμενο για τους «δράκους»- γι' αυτό και έμεινε γνωστός ως ο "the engineer of the penta" («ο μηχανικός του πέμπτου»). Την επόμενη περίοδο έχασε από την Sporting CP το πρωτάθλημα την τελευταία αγωνιστική, κατέκτησε όμως με την Porto το Κύπελλο και το Σούπερ Καπ, ενώ έφτασε μέχρι τα προημιτελικά του Champions League χάνοντας, στην παράταση από την Bayern Munich, την πρόκριση για τα ημιτελικά της διοργάνωσης. Σύμφωνα με την FIFA το 2000 βρισκόταν στην 9η θέση των προπονητών απ' ολόκληρο τον κόσμο.
Τη σεζόν 2001-2002 έρχεται στην Ελλάδα και αναλαμβάνει την ΑΕΚ με την οποία το Μάιο του 2002 κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας κερδίζοντας με 2-1 τον Ολυμπιακό στον τελικό του ΟΑΚΑ. Η παρουσία του στον πάγκο του Παναθηναϊκού, την επόμενη περίοδο, αποδείχθηκε πολύ σύντομη και διακόπηκε μετά από την 5η αγωνιστική του ελληνικού πρωταθλήματος. Οι δρόμοι με τον Ντέμη Νικολαϊδη δεν ενώθηκαν το 2003 στην Sporting CP, την τεχνική ηγεσία της οποίας ανέλαβε στα δύσκολα, μετά από την πώληση του Cristiano Ronaldo στην Manchester United και του Ricardo Quaresma στην Barcelona, αλλά επιστρέφει για δεύτερη φορά στην Ελλάδα το καλοκαίρι του 2004. Μετά από δύο σεζόν στον πάγκο της ΑΕΚ, αναλαμβάνει το Μάιο του 2006 την τεχνική ηγεσία της Benfica, στην οποία παρέμεινε έως και τον Αύγουστο του 2007. Στις 20 Αυγούστου 2007 απολύθηκε από την ομάδα της Λισσαβόνας και λίγες μέρες αργότερα αποδέχθηκε την πρόταση του προέδρου της ΠΑΕ ΠΑΟΚ κ. Θόδωρου Ζαγοράκη αναλαμβάνοντας την τεχνική ηγεσία της ομάδας, έως και την περίοδο 2009-2010.
http://www.paokfc.gr/swift.jsp?CMCCode= ... 2&extLang=