2004–2005: Η πιο επιτυχημένη του πορεία στη διοργάνωση, καθώς έφτασε μέχρι τα προημιτελικά (Quarter-finals), όπου αποκλείστηκε από τη Λιέτουβος Ρίτας.
2006–2007: Ο ΠΑΟΚ είχε μια αρκετά καλή παρουσία στην κανονική περίοδο (Φάση των Ομίλων) και κατάφερε να προκριθεί στους "16" (Eighthfinals). Στα νοκ-άουτ έπεσε πάνω στην ιταλική Μοντεπάσκι Σιένα, γνωρίζοντας τον αποκλεισμό σε διπλά παιχνίδια.
2010–2011: Η επιστροφή στη διοργάνωση, η οποία πλέον είχε μετονομαστεί σε EuroCup. Ο ΠΑΟΚ αγωνίστηκε στον 6ο Όμιλο (μαζί με Εστουντιάντες, Μπενετόν Τρεβίζο και Ροάν), αλλά η πορεία του σταμάτησε στην Κανονική Περίοδο. Τερμάτισε 3ος με ρεκόρ 3-3, το οποίο δεν ήταν αρκετό για να του δώσει το εισιτήριο της πρόκρισης.
2011–2012: Ξεκινώντας αρχικά από τα προκριματικά της EuroLeague, όπου αποκλείστηκε από τη Γαλατασαράι, ο ΠΑΟΚ συνέχισε στο EuroCup. Ήταν μια δύσκολη χρονιά, καθώς ολοκλήρωσε τη Φάση των Ομίλων στην 4η και τελευταία θέση του ομίλου του (με αντιπάλους τις Λιέτουβος Ρίτας, Λε Μαν και Αζόβμας), έχοντας ρεκόρ 1-5.
2013–2014: Μια ξεκάθαρα πιο ανταγωνιστική χρονιά, όπου ο ΠΑΟΚ προκρίθηκε από τον αρχικό του όμιλο και έφτασε στη φάση των Last 32. Εκεί, κληρώθηκε σε έναν απαιτητικό δεύτερο όμιλο με την Άνκαρα, τη Μακάμπι Χάιφα και τη Χίμκι, τερματίζοντας 4ος με ρεκόρ 2-4 και ολοκληρώνοντας έτσι την ευρωπαϊκή του παρουσία.
2014–2015: Αντίστοιχο σενάριο με την προηγούμενη σεζόν. Ο «Δικέφαλος» έκανε καλό ξεκίνημα στη Regular Season και εξασφάλισε την παρουσία του στους Last 32. Στη δεύτερη φάση ομίλων, όμως, απέναντι σε Λοκομοτίβ Κουμπάν, Βαλένθια και Πλοϊέστι, έκανε και πάλι ρεκόρ 2-4 και αποκλείστηκε καταλαμβάνοντας την 3η θέση.
2015–2016: Η τελευταία του παρουσία πριν μετακομίσει στις διοργανώσεις της FIBA. H πορεία ήταν πανομοιότυπη. Πρόκριση από τον αρχικό όμιλο και πλασάρισμα στους Last 32. Εκεί αντιμετώπισε δυνατές ομάδες όπως η Βαλένθια, η Όλντενμπουργκ και η Λιμόζ, πάλεψε τα παιχνίδια, αλλά αποκλείστηκε χωρίς να μπορέσει να κάνει το βήμα παραπάνω για τους "16".
Από του χρόνου το EuroCup ξαναδυναμώνει και γίνεται ξεκάθαρα και πάλι η δεύτερη ισχυρότερη Ευρωπαϊκή διοργάνωση με πολλές ομάδες να επιστρέφουν και να αλλάζει το φορμάτ, με τις ομάδες να αυξάνονται από 20 σε 32.
Η ανάλυση του συστήματος διεξαγωγής έχει ως εξής:
1. Κανονική Περίοδος (Regular Season)
Όμιλοι: Υπάρχουν 4 όμιλοι (Group A, Group B, Group C, Group D).
Πρόκριση: Μόνο οι 4 πρώτες ομάδες (1st, 2nd, 3rd, 4th) από κάθε όμιλο προκρίνονται στην επόμενη φάση. Οι θέσεις 5 έως 8 αποκλείονται.
Συνολικά προκρίνονται 16 ομάδες στα Playoffs.
2. Playoffs
Μορφή Αγώνων: Όλες οι φάσεις των Playoffs, από τους "16" (Eighthfinals) μέχρι και τους Τελικούς (Finals), κρίνονται σε Best of 3 Series (στις 2 νίκες). Δεν υπάρχουν μονά νοκ-άουτ παιχνίδια.
Πλεονέκτημα Έδρας: Η ομάδα που τερμάτισε σε υψηλότερη θέση στην κανονική περίοδο έχει το πλεονέκτημα έδρας σε κάθε ζευγάρωμα.
Bracket: Οι διασταυρώσεις γίνονται χιαστί μεταξύ των ομίλων: ο Όμιλος A διασταυρώνεται με τον Όμιλο B, και ο Όμιλος C διασταυρώνεται με τον Όμιλο D. Το ταμπλό χωρίζεται σε δύο paths (μονοπάτια) (Αριστερά και Δεξιά):
Φάση των 16 (Eighthfinals)
Το σύστημα φέρνει αντιμέτωπο τον 1ο ενός ομίλου με τον 4ο του άλλου, και τον 2ο με τον 3ο.
Αριστερό Ταμπλό (Ομίλοι A & B, C & D):
1/8 A: 1ος Ομίλου A (A1st) εναντίον 4ου Ομίλου B (B4th)
1/8 B: 2ος Ομίλου C (C2nd) εναντίον 3ου Ομίλου D (D3rd)
1/8 C: 2ος Ομίλου D (D2nd) εναντίον 3ου Ομίλου C (C3rd)
1/8 D: 1ος Ομίλου B (B1st) εναντίον 4ου Ομίλου A (A4th)
Δεξί Ταμπλό (Ομίλοι C & D, A & B):
1/8 E: 1ος Ομίλου D (D1st) εναντίον 4ου Ομίλου C (C4th)
1/8 F: 2ος Ομίλου A (A2nd) εναντίον 3ου Ομίλου B (B3rd)
1/8 G: 2ος Ομίλου B (B2nd) εναντίον 3ου Ομίλου A (A3rd)
1/8 H: 1ος Ομίλου C (C1st) εναντίον 4ου Ομίλου D (D4th)
Προημιτελικοί (Quarterfinals)
Οι νικητές της φάσης των 16 διασταυρώνονται ως εξής:
Quarterfinal A: Νικητής 1/8 A εναντίον Νικητή 1/8 B
Quarterfinal B: Νικητής 1/8 C εναντίον Νικητή 1/8 D
Quarterfinal C: Νικητής 1/8 E εναντίον Νικητή 1/8 F
Quarterfinal D: Νικητής 1/8 G εναντίον Νικητή 1/8 H
Ημιτελικοί (Semifinals)
Semifinal A (Αριστερό ταμπλό): Νικητής Προημιτελικού A εναντίον Νικητή Προημιτελικού B
Semifinal B (Δεξί ταμπλό): Νικητής Προημιτελικού C εναντίον Νικητή Προημιτελικού D
Τελικοί (Finals)
Ο νικητής του Semifinal A αντιμετωπίζει τον νικητή του Semifinal B σε μια σειρά Best of 3 για την κατάκτηση του τροπαίου.

Οι ομάδες θα ανακοινωθούν στις επόμενες δύο βδομάδες και η κλήρωση θα πραγματοποιηθεί την πρώτη βδομάδα του Ιουλίου.